« Meropi », « Akis », « Sifanos », « Sifanto », sont quelques-uns des noms qui ont été attribués à Sifnos durant sa longue histoire.
La dénomination de Sifnos provient du nom de Sifnos, fils du héros attique Sounios, ou, selon une autre version, de l’adjectif « sifnos » qui signifie « vide, creux » et se rapporte à l’existence dans l’île de nombreuses galeries, résultant d’une intense activité d’extraction de minerais.
Des tombes et des vestiges d’habitats découverts par l’archéologue Christos Toudas, principalement dans des sites côtiers de l’île, il ressort que la première implantation sur l’île a eu lieu dans la deuxième moitié du troisième millénaire av. J.-C. Les premiers habitants mentionnés sont les Pélasges, les Lélèges et les Phéniciens. D’après la mythologie, ces habitants avaient été chassés par le roi de Crète Minos, qui avait installé ses fils comme gouverneurs des Cyclades.
A partir des découvertes de la Citadelle d’Agios Andreas on peut affirmer que l’île a connu un grand essor et est devenue un grand centre de la civilisation protocycladique au cours du 3e millénaire av. J.-C., tandis que selon la tradition, après la guerre de Troie, des Ioniens ayant pour chef Alcénor se sont installés à Sifnos. Avec l’arrivée de ces nouveaux résidents commence une époque nouvelle au cours de laquelle est fondée, selon Hérodote, la cité de la partie orientale de l’île, appelée aujourd’hui Kastro.
Sifnos a figuré parmi les îles les plus riches des Cyclades, grâce à ses mines d’or et d’argent et au développement de l’art de la céramique. Cette richesse est attestée tant par les études et les fouilles que par la frappe de monnaie vers l’an 600 av. J.-C. et par la construction du célèbre « Trésor de Sifnos », au sanctuaire de Delphes, un bâtiment de style ionique richement orné de sculptures, d’une remarquable valeur esthétique et artistique. En même temps, dans l’une des trois villes de l’île, à Sifnos, ont été construits une agora et un prytanée en marbre de Paros.
Pendant les guerres médiques, Sifnos a pris part à la bataille navale de Salamine avec un pentécontore (galère à 50 rameurs) et plus tard, elle est devenue membre des 1e et 2e alliances athéniennes.
En raison de l’évolution négative observée sur un plan plus général dans les années suivantes, Sifnos a progressivement perdu la richesse qu’elle détenait à l’époque archaïque, tandis que pendant la période hellénistique et les années suivant la conquête romaine, l’île a perdu une partie de sa population en raison des expéditions constantes des pirates, de même d’ailleurs que d’autres îles de la mer Égée.
Les informations dont on dispose sur Sifnos à la période byzantine sont excessivement limitées : au début de cette période, Sifnos dépendait administrativement de la région Achaïe de l’Illyrie Orientale et elle contribuait à la petite flotte des Cyclades, tandis qu’au milieu de la période, son importance commerciale s’est renforcée. En outre, à l’époque de l’iconoclasme byzantin, de nombreux intellectuels et religieux ont trouvé refuge à Sifnos, contribuant ainsi à son élévation spirituelle.
Après la croisade de 1204, Sifnos est soumise au Duché de Naxos, fondé en 1207 par Marco Sanudo. En 1269 elle est reprise par les Byzantins, mais en 1307 elle revient à Yannoulis Da Corogna, qui s’était proclamé seigneur indépendant. Da Corogna a renforcé l’île et la ville avec une solide forteresse, afin d’affronter les ducs de Naxos qui revendiquaient la possession de l’île. En 1464, Sifnos passe entre les mains de la famille Gozzadini qui la conserve jusqu’en 1566, où les Turcs conquièrent les Cyclades et transmettent leur administration à Joseph Nassi. Toutefois, les Gozzadini restent dans l’île jusqu’en 1617, comme sujets du Sultan et avec des attributions obscures.
Grâce aux conditions favorables créées par l’adminstration des Sultans pendant les années suivantes, l’ile a connu ensuite un grand développement économique et spirituel.
L’économie de Sifnos s’appuyait davantage sur l’agriculture et l’élevage, moins sur le commerce, et elle était prospère, comme il ressort de la présence dans l’île de consuls de France, d’Angleterre et de Hollande.
En 1687 est fondée à Sifnos l’École du Saint Sépulcre, également connue sous le nom d’« Université des Cyclades », et de célèbres professeurs y enseignent, comme Emmanuel Trochanis et Nicolas Chryssogelos. Plus de cinquante habitants de Sifnos ont été élèves de cette École et se sont distingués par la suite dans la hiérarchie ecclésiastique, occupant d’illustres trônes pontificaux.
En même temps à Sifnos étaient créées les conditions favorisant le développement de l’institution communautaire de l’autogestion, ayant pour organe principal l’Assemblée Générale du Peuple.
Sifnos a participé à la guerre d’indépendance de 1821 avec un corps expéditionnaire organisé par Nicolas Chryssogelos et qui a été principalement actif dans le Péloponnèse.
Après l’Indépendance, Sifnos a été à son apogée dans tous les domaines et notamment dans les lettres, brillant avec d’importants scientifiques, écrivains et érudits (Ioannis Gryparis, Nicolas Dekavallas, Constantin Dialismas, Jacob Dragatsis, Aristos Kabanis, Apostolos Makrakis, Aristomenis Proveleggios, Théodose Sperantsas, Antonios Zilimon, Georges Maridakis etc.)
Sifnos a connu l’occupation italienne dans la période de 1941 à 1944.
Au 19e siècle et au début du 20e, de nombreux habitants de Sifnos ont été élus députés, comme Aristomenis Proveleggios, Antonios Prezanis, le médecin-chef Georges Koulouris etc. Constantin Proveleggios, originaire de Sifnos, a été ministre de la Justice, des Finances et plus tard des Affaires étrangères.